Desde el año 2018 hasta la actualidad, se realizan de manera anual el estudio de la calidad de las aguas de diferentes embalses en base a la comunidad de fitoplancton, determinado como único elemento de calidad para el establecimiento del potencial ecológico según el RD 817/2015 y el Plan Hidrológico.
El muestreo de embalses se lleva a cabo mediante el empleo de embarcación y se realiza tanto un perfil fisicoquímico de la columna de agua, como la toma de muestras de diferentes parámetros químicos (alcalinidad, nutrientes, contaminantes, etc.) y biológicos (fitoplancton y clorofila a).
Además, se determina el estado/potencial ecológico tanto de los ríos tributarios como receptores de los diferentes embalses en base a los elementos de calidad: biológicos (diatomeas, macroinvertebrados y macrófitos), hidromorfológicos y fisicoquímicos (pH, concentración y saturación de oxígeno y concentración de amonio, nitrato y fosfato).